Неговото задържане е резултат от поредица от трагични събития, разиграли се в Къкринското ханче. В националната история то ще остане като едно от най-черните места. Именно тук на 27 декември 1872 г. е заловен Апостолът на свободата от турските заптиета. Ханчето е разположено на края на селото в гориста местност. Неговият ханджия е Христо Цонев по прякор Латинеца, сподвижник на Левски. Водачът на българската национална революция отсяда там на 26 декември 1872 г., той е съпровождан от своя съратник Никола Цвятков. Малко преди да пристигнат те се срещат по пътя с турска конна полиция. Нейният началник се усъмнява в причините за пътуването на Левски, който твърдял, че отивал да нагледа лозето си, и информира за подозрителните пътници своето по-висше началство. Организирана е хайка и заптиетата обграждат ханчето рано сутринта на следващия ден. „Левски грабва своя пистолет и пистолета на Христо Цонев, който го е приютил. Апостолът тръгва да бяга през задното помещение, от там през конюшнята излиза на двора, мислейки, че няма да се натъкне на заптиета, но те са навсякъде. Левски няма къде да се скрие, опитва се да прескочи ограда, прострелва един от гонителите си, но е заловен“, разказа за разигралите се бурни събития уредникът на музея „Къкринско ханче“.
Ханчето е откупено по-рано и се използва от революционните дейци като място за тайни срещи и по време на пътуванията на апостолите из страната. Съдържател на ханчето е довереният на организацията Христо Цонев – Латинеца.
Левски минава през Къкрина, за да събере документи на тайния революционен комитет, които да изнесе по-късно в Румъния. След обира на турската хазна в Арабаконашкия проход в края на септември 1872 г., турските власти започват масови арести на хора, заподозрени за връзки с революционните комитети. Голям брой от членовете на комитетите в Тетевен, Орхание, Етрополе и Ловеч са задържани. При разпитите Димитър Общи прави признания, които улесняват разследващите турски власти и скоро те влизат в следите на Апостола. Затова Левски, за да предотврати окончателния провал на революционната организация, заминава за Ловеч, за да запази архивите на организацията и да ги пренесе в Румъния.
Призори на 27 декември в ханчето в село Къкрина Васил Левски, заедно с Никола Цвятков и Христо Цонев – Латинеца са арестувани от специално изпратена група заптиета.
Известен мит разказва, че при опита си за бягство Апостолът се оплел в плета на ханчето, не успял да избяга, и затова попада в ръцете на турците, но тази версия все още е спорна сред историците.
Истината за това какво точно се случило в Къкринското ханче описва лично самият Васил Левски. В протоколите от разпитите на Извънредната комисия са записани показанията на Апостола, в които той разказва следното:
Въпрос: Как ви заловиха?
Отговор на Левски: Към десет часа сутринта по турски (около 4-5 нашенски), когато излязох навън, аз видях пред вратата един въоръжен с пушка. Попитах го кой е той, той ме улови за ръката. У мене имаше два револвера, извадих ги и раних в ръката човека, който ме хвана (това е Юсеин Бошнак, водачът на групата заптиета, изпратена да го арестува). После започнах (опитах се) да бягам, обаче държащият не ме пусна. Пристигнаха другарите му, удариха ме по главата (и) аз паднах там. Заловиха ме…“
Впоследствие, след обесването на Апостола, Никола Цвятков и ханджията Христо Цонев са освободени, а именно Цвятков разказва версията как Апостолът хукнал да прескочи плета, но закачил крачола си или цървулите си, и така не успял да избяга.
Задържаните са изпратени първо в Търново, а от там – в София. Извънредната следствена комисия изземва функциите на съд и осъжда Васил Левски на смърт. Апостолът е обесен на 18 февруари 1873 година в покрайнините (тогава) на София. Днес на мястото на обесването е издигнат паметник на Апостола.
По-късно Къкринското ханче запустява, а впоследствие претърпява и пожар. През 1901 година проф. д-р Параскев Стоянов прави на място архитектурни заснемания по оцелелите след пожара основи, и с помощта на дарения ловчанлии поставят паметна плоча на мястото, където е заловен Апостола.
През 1924 г. в с. Къкрина е основан специален комитет с цел да се наберат средства за възстановяване на ханчето. Парите са събрани едва за две години и през 1926 г. започва изграждането му наново. През 1931 г. с официална церемония ханчето е превърнато в музей.